珠三角自创区的最大特色，是区域内众多城市群之间，以及与港澳地区的创新合作协调。这一年来，“广佛肇”“深莞惠”“珠中江”三大经济圈内，以及粤港澳区域发展协调机制基本形成，促成创新要素有序流动，以及重大创新平台建设、创新资源开放共享、科技成果转化、知识产权保护、创新人才联合培养等方面的合作。